En plein cœur de la fonction publique territoriale, l’arrêt maladie peut devenir un moment de questionnements et de réajustements. Entre impératifs réglementaires, impact financier et accompagnement humain, chaque agent a besoin d’un guide clair pour traverser cette période sans stress inutile. À travers le parcours fictif de Sophie, adjointe administrative à la mairie de Rennes, découvrez comment anticiper les démarches, maîtriser les nouvelles règles de rémunération 2025, coordonner congés et arrêts, bénéficier d’un soutien RH et préparer efficacement votre retour.
Les premières démarches lors d’un arrêt maladie dans la fonction publique
Sophie vient de recevoir son avis d’arrêt de travail. Dès la prescription, elle doit agir vite pour respecter les obligations et sécuriser ses droits. Voici les étapes clés pour ne rien oublier.
Obligations légales et envoi des volets
Dans les 48 heures suivant la prescription médicale, l’agent public doit envoyer les volets 2 et 3 de l’avis d’arrêt de travail à son employeur et à la Caisse Primaire d’Assurance Maladie. En cas d’hospitalisation ou d’impossibilité, un justificatif suffit pour expliquer un envoi tardif dans les huit jours.
- Volet 1 : destiné à la Sécurité sociale (Sécu).
- Volet 2 : à l’employeur (collectivité ou État).
- Volet 3 : à la Caisse Nationale de Sécurité Sociale ou mutuelle (Mutuelle Générale, AG2R La Mondiale, MAAF, Groupama…).
Un envoi soigné garantit le maintien rapide de l’indemnisation via L’Assurance Maladie et vos garanties complémentaires (L’Assurance Prévoyance, Frontalier Santé).
Tableau des délais et destinataires
| Volet | Destinataire | Délai légal |
|---|---|---|
| 2 | Employeur | 48 h (ou 8 j avec justificatif) |
| 3 | CPAM / Mutuelle Générale, MAAF, AG2R La Mondiale | 48 h (ou 8 j justifiés) |
Sanctions et conseils pratiques
Un retard non justifié peut entraîner une suspension des indemnités. Pour éviter toute inquiétude, Sophie scanne immédiatement ses documents et utilise la plateforme en ligne de La Banque Postale pour un suivi sécurisé des envois. Ainsi, elle garde la trace de chaque transmission.
Ce besoin de rigueur dès le départ est crucial pour prévenir tout blocage administratif et maintenir la confiance entre l’agent, l’employeur et les organismes payeurs. Insight : une organisation impeccable dès l’annonce de l’arrêt réduit le stress et sécurise vos droits.

Impact financier et nouvelles règles de rémunération en 2025
La loi n° 2025-127 du 14 février 2025 a amendé l’article L.822-3 du CGFP. Sophie découvre que, depuis le 1er mars 2025, les fonctionnaires en congé de maladie ordinaire perçoivent 90 % de leur traitement indiciaire pendant les trois premiers mois, au lieu de 100 % auparavant.
Éléments impactés par la réduction à 90 %
La diminution à 90 % concerne non seulement le traitement indiciaire, mais aussi :
- La nouvelle bonification indiciaire (NBI).
- Le complément de traitement indiciaire (CTI).
- Les dispositifs « transfert primes/points ».
- L’indemnité compensatrice de la hausse de la CSG.
Tableau récapitulatif des impacts
| Rémunération ou prime | Avant 1er mars 2025 | Après 1er mars 2025 |
|---|---|---|
| Traitement indiciaire | 100 % | 90 % |
| NBI | 100 % | 90 % |
| CTI | 100 % | 90 % |
| CSG compensée | 100 % | 90 % |
Exceptions et conseils pour la collectivité
Les délibérations locales ne peuvent plus garantir un maintien à 100 % de l’IFSE du RIFSEEP pendant les trois mois. En application du principe de parité, toute clause plus favorable deviendrait illégale après le 1er mars 2025.
- Les CMO en cours avant le 1er mars restent à 100 % jusqu’à leur terme.
- Les congés de longue maladie ou pour invalidité temporaire ne sont pas concernés.
- Les collectivités doivent abroger tout acte devenu illégal (article L.243-2 CRPA).
Pour Sophie, cette évolution financière nécessite une revue de son budget mensuel. Elle se tourne vers sa complémentaire santé (Mutuelle Générale) et consulte ses proches pour ajuster ses dépenses. Insight : anticiper l’impact financier dès l’annonce de l’arrêt permet de conserver une sérénité budgétaire.
Gestion des congés et transition entre congés maladie et congés annuels
Quand Sophie récupère progressivement, elle se pose la question du cumul entre congés payés et arrêt maladie. Dans la fonction publique, ces périodes peuvent se succéder ou même se chevaucher.
Principe de réactivation des congés annuels
Un agent peut partir en congé annuel dans le respect des dates fixées avant l’arrêt maladie. Si l’arrêt se termine hors période de congés prévue, la collectivité peut réajuster le calendrier.
- Si l’arrêt est antérieur à la période de congés : maintien des dates initiales.
- En cas d’arrêt en cours de congés fixés : report ou ajustement possible.
- Le service RH définit les règles avec le comité technique.
Tableau des scénarios de transition
| Situation | Action | Exemple |
|---|---|---|
| Arrêt avant congés | Maintien des dates | Arrêt du 1er au 15 juillet, congés prévus du 16 au 30 juillet |
| Arrêt pendant congés | Report ou reclassement | Arrêt du 10 au 20 août, report des congés aux dates validées |
| Arrêt à cheval | Décision au cas par cas | Stop le 28 décembre, reprise le 5 janvier, congés initials non impactés |
Conseils pour anticiper
Il est important de :
- Notifier votre service RH en amont.
- Conserver les accusés de réception de vos arrêts et modifications.
- Vérifier les accords locaux et fiches pratiques du CDG59 ou CDG60.
Insight : une coordination précoce entre l’agent, le manager et le service des ressources humaines évite les conflits de planning et garantit un repos adapté.
Accompagnement RH et bien-être durant l’arrêt maladie
Au-delà de la dimension administrative, l’arrêt maladie interroge la santé mentale et le sentiment d’utilité. Sophie témoigne : « La première fois qu’on m’a dit que j’écrivais comme je parlais, j’ai cru que c’était une critique. En fait, c’était le plus beau compliment. » Cette anecdote illustre l’importance d’un soutien empathique.
Rôle du management et des organismes
Un management bienveillant favorise la reprise. Les collectivités peuvent s’appuyer sur :
- La cellule de soutien interne ou l’assistance psychologique.
- Les garanties complémentaires (AG2R La Mondiale, Mutuelle Générale, Frontalier Santé).
- Les actions de prévention de la Caisse Nationale de Sécurité Sociale.
Outils pratiques pour le fonctionnaire
Simulateur d’indemnités journalières
Ce simulateur permet de calculer :
- La perte de rémunération mensuelle.
- Le montant des indemnités journalières versées par la CPAM.
- L’équilibre budgétaire avec la mutuelle complémentaire.
Routines et bien-être
Pour garder le moral, Sophie s’accorde :
- Des promenades matinales avant l’arrivée de son conjoint.
- Un carnet pour noter chaque petit progrès.
- Des exercices de relaxation recommandés par son médecin du travail.
Insight : un accompagnement global, associant dimensions administrative et humaine, facilite la convalescence et prépare un retour serein.
Préparer son retour et anticiper les conséquences sur la carrière
La reprise doit être anticipée dès la notification de l’arrêt. Un plan de retour progressif et un suivi médical adapté sont essentiels pour ne pas retomber dans l’arrêt.
Organisation du retour progressif
Le médecin du travail peut proposer un temps partiel thérapeutique. Il est important que :
- Le document médical soit transmis rapidement au service RH.
- Un calendrier de reprise graduée soit co-construit.
- Les missions soient réévaluées selon les capacités de l’agent.
Impact sur la retraite et l’évolution de carrière
Les périodes de congé de longue maladie ou d’invalidité imputable au service peuvent être retenues pour le calcul de la pension. La Caisse Nationale de Sécurité Sociale et La Banque Postale offrent des simulateurs pour estimer l’impact sur votre future pension.
| Période | Retenue pour retraite | Actions recommandées |
|---|---|---|
| CMO (3 mois) | Traité comme période d’activité | Conserver vos bulletins de paie |
| CLM / CLD | Valable pour pension | Faire valider par la CNRACL |
| Invalidité | Retenue à 50 % du traitement | Consulter la CPAM et L’Assurance Prévoyance |
Conseils pour un succès durable
Avant la reprise, prenez un moment pour :
- Réévaluer votre organisation personnelle.
- Vérifier vos droits auprès de la CPAM et de votre mutuelle (MAAF, Groupama).
- Planifier un point avec votre manager et le médecin du travail.
Insight : préparer son retour dès le début de l’arrêt garantit une reprise en confiance et protège votre trajectoire professionnelle. Pour aller plus loin, découvrez aussi comment fonctionne le congé sans solde ou encore la maladie professionnelle reconnue.
FAQ Arrêt maladie dans la fonction publique
- Que faire en cas de prolongation d’un arrêt en cours au 1er mars 2025 ?
Tout arrêt débuté avant le 1er mars reste indemnisé à 100 % jusqu’à son terme. Toute prolongation à partir du 1er mars bascule à 90 %. - Peut-on partir en congé annuel immédiatement après un arrêt maladie ?
Oui, à condition de respecter les dates fixées avant l’arrêt ou d’obtenir un accord du service des ressources humaines pour un report. - Comment la mutuelle et l’Assurance Prévoyance complètent-elles les indemnités ?
Mutuelle Générale, AG2R La Mondiale, MAAF ou Groupama peuvent couvrir la différence entre 90 % et 100 %, selon votre contrat. - Le congé de longue maladie modifie-t-il les droits à la retraite ?
Non, les congés de longue maladie ou pour invalidité imputable au service sont retenus pour le calcul de la pension. - Qui contacter en cas de litige sur le calcul des indemnités ?
La CPAM d’abord, puis la Caisse Nationale de Sécurité Sociale ou votre mutuelle (Frontalier Santé pour les frontaliers) si nécessaire.






